L'ISO 9308-2:2012 spécifie une méthode de dénombrement des Escherichia coli et des bactéries coliformes dans l'eau. La méthode est basée sur la croissance d'organismes cibles dans un milieu liquide et sur le calcul du «nombre le plus probable» d'organismes en fonction de tables NPP. Cette méthode peut être appliquée à tous les types d'eau, y compris ceux contenant une quantité appréciable de matière en suspension et des nombres importants de bactéries hétérotrophes. Cependant, elle ne doit pas être utilisée pour dénombrer les bactéries coliformes dans l'eau de mer. Lorsqu'elle est utilisée pour dénombrer Escherichia coli dans l'eau de mer, une dilution 1→10 dans de l'eau stérile est généralement requise, bien que la méthode ait démontré son efficacité avec certaines eaux de mer ayant une concentration en sel inférieure à la normale. En l'absence de données étayant l'utilisation de la méthode sans dilution, une dilution 1→10 est utilisée.

Cette méthode repose sur la détection des Escherichia coli en fonction de l'expression de l'enzyme β-D-glucuronidase et, par conséquent, ne permet pas de détecter les souches entérohémorragiques des Escherichia coli, qui n'expriment généralement pas cette enzyme. De plus, il existe un petit nombre d'autres souches d'Escherichia coli qui n'expriment pas la β-D-glucuronidase.

Le choix des essais utilisés lors de la détection et de la confirmation du groupe de bactéries coliformes, notamment Escherichia coli, peut être considéré comme faisant partie intégrante d'une séquence continue. Le niveau de confirmation avec un échantillon particulier dépend d'une part de la nature de l'eau et d'autre part des raisons de l'examen. L'essai décrit dans l'ISO 9308-2:2012 fournit un résultat confirmé sans avoir besoin de confirmer les puits positifs.